北条时行作为北条家继承人，凭借逃跑的才能，在乱世中生存，并立志夺回天下。
高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
即将废部的轻音部，四位女生为了拯救社团，开始演奏音乐，度过美好的高中时光。